小兒時期脾常不足，加之飲食不知自調，挑食、偏食，好吃零食，食不按時，飢飽不一，或家長缺少正確的餵養知識，嬰兒期餵養不當，乳食品種調配、變更失宜，或縱兒所好，雜食亂投，甚至濫進補品，均易於損傷脾胃。
也有原本患其他疾病脾胃受損，或先天禀賦脾胃薄弱，加之飲食調養護理不當而成病。因此，本病多由於飲食不節餵養不當而致病，其他病因還有他病失調脾胃受損、先天不足後天失養、暑濕熏蒸脾陽失展、情志不暢思慮傷脾等，均可以形成本病。厭食的病變髒腑在脾胃，發病機理總在脾運胃納功能的失常。
司受納，脾主運化，脾胃調和，則口能知五穀飲食之味。小兒由於以上各類病因，易造成脾胃受損運納功能的失常。因病因、病程、體質的差異，證候又有脾運功能失健為主與脾胃氣陰不足為主的區別。厭食為脾胃輕症，多數患兒病變以運化功能失健為主，虛像不著，因飲食餵養不當，或濕濁、氣滯困脾，脾氣失展，胃納不開。部分患兒素體不足，或病程較長，表現虛證，有偏氣虛、有偏陰虛者。脾為陰土，喜燥而惡濕，得陽則運；胃為陽土，喜潤而惡燥，以陰為用。故凡脾氣、胃陰不足，皆能導致受納、運化失職而厭食。
